La Iglesia de San Clemente data del período colonial, ya que la presencia católica se consolidó en la región durante los primeros siglos de la colonización española. La iglesia lleva el nombre de San Clemente, un papa y mártir de la Iglesia Católica, quien, de acuerdo con la tradición cristiana, fue el tercer papa de la Iglesia, en la época del Imperio Romano.

Como muchas de las iglesias coloniales en Guatemala, San Clemente fue inicialmente concebida como un centro religioso para la evangelización de los pueblos indígenas que habitaban la región.

A lo largo de los años, la iglesia ha sido testigo de transformaciones debido a las restauraciones y la evolución del propio municipio de Morazán.

La Iglesia de San Clemente en Morazán refleja el estilo arquitectónico de las iglesias coloniales, con características de la época de la conquista. Actualmente, esta iglesia hace parte del patrimonio tangible del municipio, sin embargo, ya solo queda en el recuerdo de los pobladores como su iglesia más antigua, pues se encuentra inhabilitada.