Por el año 1700 la población nativa o indígena manifestaba muy poca inclinación o aceptación de la religión católica, porque todavía realizaba sus ritos; por lo que un sacerdote jesuita encargado de la iglesia parroquial encontró la solución, obsequiando a la comunidad indígena una imagen de San Sebastián y una de Santiago, de esa forma nacieron los dos primeros barrios de la villa de Chiquimulilla, denominados San Sebastián y Santiago. A los del barrio San Sebastián se les decía “arribeños” y a los de Santiago “bajeños”. Para venerar las imágenes de los santos se construyeron dos templos u oratorios pequeños.

En el año 1768, según lo relata el arzobispo de la Diócesis de Goathemala, Pedro Cortés y Larraz, “…la parroquia de Chiquimulilla estaba a cargo del cura Bernardo Ximenes, atendiendo 360 casas, donde suelen vivir tres o cuatro familias, que pueden ser naturales o ladinos. Las casas son unos estrechos jacales sin división y cuando la tienen están con tres o cuatro palos o cañas. El trabajo pastoral le representa realizar confesiones anuales de 1500 naturales, indiezuelos, muchachos y muchachas y 500 ladinos, ya que todos sus feligreses son puntuales a cumplir con el precepto anual de confesar y comulgar. Al precepto de oír misa las más asistentes son las indias; los indios vagan mucho en las salinas pesqueras. Los ladinos que existen en el pueblo asisten a misa y a la explicación de la doctrina cristiana. La mayor dificultad la encuentra con la superstición de los naturales o indígenas porque curan con figuras de ídolos…”